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下記の手順で作業を行うと、上手く同期された。
Firefoxのブックマーク管理のトラブルについて。
一度に大量のブックマークを編集（フォルダ移動）していると、フォルダが壊れることがある。
具体的には、消したものが復活したり、二重に現れたり、移動先のフォルダごと消えたりといった症状。
経験的に、フォルダ移動をドラッグで行うのは危険。
フォルダ移動を行う場合は
という手順で行うと、意図しないブックマークの破損は発生しなくなった。
フォルダを使うこと自体、なるべく避けたほうが安全かもしれない。